IntelliJ IDEA の右クリックから Atom でファイルを開けるようにする (ついでに Thunar からも)
IntelliJ IDEA
File > Setting > Appearance & Behavior > Menus and Toolbars に各ポップアップメニューの項目があるので、そこの任意の位置に External tools に登録 (後述) しておいた Atom を配置します。
External tools に登録
File > Setting > Tools > External Tools の [+] ボタンをクリックして登録を行います。コマンドラインから開く時と同じように設定すればそれで動きます。
ただ Open console のチェックをはずす、 Parameters に -n オプションをつけるなど微調整をしたほうが心地よく使えるでしょう。(-n オプションをつけていないと既存のウィンドウに開かれる場合があり、複数のワークスペースで Atom を開いてる場合に現在アクティブなワークスペースで開かない場合がありすこし鬱陶しい)
Thunar
Thunar は Xfce についてきたファイルマネージャーですが、編集 > アクションの設定 でポップアップメニューに項目を追加できます。
おわり
日常業務において IntelliJ IDEA に不満はありませんが Markdown の補完が肌にあわないのでプレビューを行える Atom を使用しています。-n オプションを知るまでは Atom も大変不便な場合があったのですが、ちゃんと help を読んで心地よく使えるようになりました。